C.E.71年、
人類は自然人と
遺伝子操作人の
コーディネイターとの間に
戦争を繰り広げていた。
中立国オーブの
コロニー・ヘリオポリスで
暮らすコーディネイターの少年
キラ・ヤマトは、
敵軍の襲撃に巻き込まれ、
地球連合軍の最新鋭機
ガンダム・ストライクに乗り込む。
ガンダムSEED
C.E.71年、人類は自然人と遺伝子操作人のコーそこで彼は、
幼なじみでありながら
敵対するザフト軍のエースパイロット
アスラン・ザラと再会する。
キラは戦争の悲惨さに苦しみながらも、
仲間や恋人を守るために戦い続ける。
やがて彼は、
自分と同じコーディネイターでありながらも
地球連合軍に所属する
反乱軍・クライン派に加わり、
ザフト軍と対峙することになる。
キラとアスランは、
それぞれの信念と友情を問われる
壮絶な戦いに身を投じていく ......
